MK Dons został utworzony 21 czerwca 2004 roku po zmianie nazwy z Wimbledon F.C. W 2003 Wimbledon F.C. został przeniesiony do miasta Milton Keynes, grając jeden sezon jako Wimbledon FC zanim w 2004 roku zmieniono nazwę na MK Dons. Duża część kibiców niezadowolona z sytuacji w Wimbledon FC w 2002 stworzyli nowy klub – pod nazwą AFC Wimbledon. Po trudnych negocjacjach stowarzyszenia niezależnych kibiców AFC Wimbledon i MK Dons, MK Dons zrzekł się wszelkich praw do trofeów oraz do historii Wimbledon F.C. na rzecz London Borough of Merton. 3 maja 2015 w ostatniej kolejce spotkań MK Dons po raz pierwszy w historii klubu uzyskał awans do Football League Championship po zwycięstwie nad zdegradowanym Yeovil Town 5:1 i przy jednoczesnej porażce Preston z walczącym o utrzymanie Colchester United.
